Nach eurem Kampf mit Cifer im Vorspann, erwacht ihr auf der Krankenstation des Gardens. Unterhaltet euch mit Dr. Kadowaki. Diese verabreicht euch eine Standpauke und informiert Quistis Trepe (eine Ausbilderin, die von ihrem Sexappeal stets überzeugt ist). Nach einem kurzen Auftritt eines geheimnisvollen Mädchens betritt Quistis die Station. Sie bringt euch in eure Klasse zurück, um Vorbereitungen für die Abschlussprüfung zu treffen. Ehe ihr an der SEED-Prüfung teilnehmen dürft, steht euch allerdings noch ein Besuch in der Feuergrotte bevor. Aber zuerst solltet ihr zurück an eure Schulbank und dort am Computer alles Wissenswerte abfragen.

Im Balamb Garden Network erfahrt ihr schon etwas über die G.F.. Macht euch mit diesen Kräften genauestens vertraut, denn diese sind sehr oft kampfentscheidend. Einige Punkte werden zwar erst später erläutert, aber ihr solltet schon einmal das Tutorial durchlesen. Verlasst dann das Klassenzimmer und vergesst nicht, auf dem Weg zum Aufzug mit der Person zu sprechen (holt stets Informationen bei anderen ein. Merkt euch dise auch!). Ihr erhaltet von ihr sieben Karten. Nun geht es mit dem Lift hinunter. Schaut euch den Wegweiser an und studiert die verschiedenen Locations des Gardens. Um später nicht rings um die Anlage laufen zu müssen, könnt ihr auf dem Wegweiser ein Ziel angeben. So gelangt ihr schneller dorthin.

Bevor ihr euch mit Quistis auf den Weg zur Feuergrotte macht, solltet ihr in die Übungshalle gehen (Erfahrungswerte!) Schaut im Menü nach und koppelt die beiden G.F.s. Belegt dann Ability mit den Befehlen Zauber, Draw und G.F.. Lauft etwas in der Halle herum und stellt euch den Kämpfen. (Füllt eure Lebensenergie rechtzeitig auf, bevor ihr Fieslingen gegenüber tretet!) Sollten Eure Lebenspunkte schwinden, verlasst ihr die Halle einfach und marschiert in euer Quartier zum Schlafen und Energieauffrischen. Setzt in den Fights in der Übungshalle G.F.-Befehle ein. Steht ihr nur einem einsamen Gegner gegenüber, entzieht diesem mit dem Draw-Befehl seine Zauber und lagert diese ein. Habt ihr Level 10 erreicht, schaut ihr euch noch etwas im Garden um, frischt die Kräfte auf, speichert und geht zu Quistis am Haupteingang.

Sie erklärt euch das gesamte System der G.F. und das Koppeln ganz genau. Merkt euch diese Punkte. Sie sind für den späteren Spielverlauf sehr wichtig. Verlasst dann den Garden (den Draw-Punkt am Ausgang leeren) und marschiert in östlicher Richtung zur Feuergrotte. Lauft allerdings nicht in die Waldgebiete, da die Gegner hier noch zu stark für euch sind.

Ab hier beginnt eure Prüfung zum SEED. Eurem Verhalten entsprechend werdet ihr später auch bezahlt. Wer sein  SEED-Level aufmotzen will, kann dies recht einfach über die Funktion Test im Optionsmenü tun.

Lasst euch von eurer Ausbilderin Quistis einige weitere Tipps geben und marschiert in die Feuergrotte hinein. Benutzt hier die G.F. Shiva, um den Monstern Herr zu werden. Lauft einfach die Grotte schnurstracks nach oben und bekämpft Ifrit. Auch hier nützt euch die G.F. Shiva sehr viel. Das Zeitlimit ist übrigens nur so lange gültig, bis Ifrit besiegt ist. Nun erhaltet ihr ihn als G.F.. Bedenkt Quistis mit seinen Fähigkeiten. Verlasst die Höhle und nutzt auf dem Rückweg die Draw-Punkte. Entzieht auch den auftauchenden Gegner möglichst viel Zaubersprüche. Ihr werdet lernen, dass sich alle Zauber streng nach den Grundelementen richten. Das bedeutet, dass Feuermonster gegen Eiszauber schlecht gefeit sind. Nutzt dieses Wissen gegen sie aus. Sorgt auch dafür, dass Squall viele Analysis-Zauber einkassiert, um für spätere Kämpfe einen Vorrat zu haben. Kehrt dann zurück in den Garden. Man kann übrigens überall auf der Oberfläche speichern, und regelmäßiges Speichern bewahrt euch vor so mancher bösen Überraschung.

Geht in euer Quartier und zieht die Uniform an, indem ihr ans Bett tretet. Nun werdet ihr automatisch in die Anfangshalle gebracht. Hier lernt ihr Xell Dincht kennen. Als weiterer Prüfling tritt Cifer eurer Gruppe bei. Nachdem ihr vom Direktor Cid mit allen Einzelheiten eures Auftrages vertraut gemacht wurdet, geht es auch schon zum Hafen. Lenkt das Fahrzeug einfach die Straße entlang. Im Hafen besteigt ihr das Schiff und erhaltet erneut Anweisungen. Es gilt, die Stadt Dollert vor den Angriffen der Galbadianer zu schützen. Ihr landet am Strand und folgt Cifer zum Marktplatz. Dort wartet ihr ab, bis einige Soldaten an euch vorbeihetzen ehe ihr eurem Truppenführer erneut einen Berg hinauf folgt. Die Monster und Soldaten hier lasst ihr die G.F.s spüren. Saugt auch reichlich Vita-Zauber.

Oben angekommen, erreicht euch beim Sendeturm die Botin Selphie. Zusammen mit ihr und dem hitzköpfigen Cifer geht es in die Anlage. Gebt jedem der drei Mitglieder eine G.F. Kopplung. Innen leert ihr den Draw-Punkt und speichert, bevor ihr mit dem Aufzug nach oben fahrt. Dort angekommen, werdet ihr alte Bekannte aus früheren Teilen der Final Fantasy Saga wiedertreffen, darunter auch Wedge und Biggs, die gerade im Begriff sind, erneut hinterlistiges Werk zu vollbringen. Es kommt zum Kampf. Haltet eure Hitpoints im Positiven, denn bald wird ein Monster namens El Viole auftauchen und euch attackieren. Mächtige G.F.-Einsätze besiegen es jedoch. Denkt an den Vita-Zauber, der dem Monster entzogen werden kann. Danach heißt es innerhalb von 30 Minuten den Strand zu erreichen. Netterweise werdet ihr von einer Vernichtungsmachine verfolgt. Kämpft immer so lange gegen sie, bis ein Hinweis auf Flucht auftaucht. X-ATM092 wird später am Strand unter schweres Maschinengewehrfeuer genommen. Ihr habt sogar eventuell die Gelegenheit, die Vernichtungsmaschine auf der Brücke, die ihr bei eurer Flucht überquert, zu besiegen. Allerdings müsst ihr hier eure Charaktere schon ein wenig hochgelevelt haben.

Habt ihr den Strand erreicht, kehrt ihr in den Garden zurück. Redet dort mit den Anwesenden und lasst euch als vollwertiger SEED begrüßen. Nun heißt es, sich im Quartier umzuziehen und zur Fete zu gehen. Begebt euch ins Zimmer des Direktors, hört euch sein Lob an und geht euch danach in eurem Quartier umziehen. Genießt die Fete und folgt Quistis Anweisungen. Merkt euch die Erklärung über die Zustandseigenschaften und spielt mit ihr den Talk beim geheimen Treffpunkt durch. Übrigens solltet ihr beachten, dass ihr in manchen Situationen nicht die Möglichkeit habt, euch auszuruhen und somit die Lebensenergie aufzufüllen. Heilt daher eure Charaktere mit Vita-Zauber. bevor ihr in einen weiteren Kampf geratet. Im Übungsraum bringt übrigens eine Kopplung von Squall mit der G.F. Shiva und der Option Optimal im Kopplungsmenü recht gute Ergebnisse, um Dinos und lästige Insekten zu vernichten. (ein sehr gute Methode um Dinos zu bekämpfen ist auch sie zu blenden!)

Als vollwertiger SEED erhaltet ihr nun euren ersten Auftrag. Begebt euch zum Ausgang des Gardens und lauscht den Anweisungen des Direktors.

Das Passwort, auf welches ihr in Timer achten müsst, lautet: "Der Wald hat sich verändert." Die von euch erwartete Antwort ist: " Es leben aber noch Eulen."

Also, macht euch auf den Weg nach Balmb, der Stadt mit dem Hafen. Auf dem Weg dorthin solltet ihr die Kopplung auf Quistis lösen und eventuell ihre G.F. anderen Mitgliedern der Truppe geben, die in der aktuellen Party dabei sind.

Schaut euch etwas in der Stadt um und bezahlt am Bahnhof die 3000 Gil für die Bahnkarten. Besteigt den Zug, der euch nach Timber bringt. Als ihr ins Zugabteil marschiert, um euch ein wenig auszuruhen, werdet ihr mit Schlafgas überrascht

Szenenwechsel:
Als die drei Krieger Laguna, Kiros und Ward befindet ihr euch in einem Kriegsgebiet. Schlagt euch zur nächsten Stadt durch und besucht das Hotel. Hier trifft Laguna seinen heimlichen Schwarm Julia. Spielt mit ihm die Szenerie in der Bar durch. Besucht sie dann auf ihrem Zimmer und unterhaltet euch mit ihr. Danach gelangt ihr zurück in den Zug nach Timber.

Hier reden die drei Mitglieder eurer Party über den kollektiven Traum. Anschließend trifft ihr in Timber ein. Beantwortet die Parole richtig, und ihr werdet in den nächsten Zug verfrachtet. Begrüßt Watts und Thon und marschiert dann hinauf, um Prinzessin Rinoa zu wecken. Diese stellt euch daraufhin ihre Partnerin Angel vor, einen Hund mit speziellen Fähigkeiten. Um diese zu trainieren, solltet ihr die Zeitschrift "mein Hund" studieren. Kurz darauf werdet ihr in einen geheimen Entführungsplan eingeweiht. Hier die einzelnen Schritte:

1. Auf Wache- 2 hinaufsteigen. 
2. Auf Wache- 2 vorarbeiten.  
3. Auf Präsidentenwagen vorpirschen. 
4. Die Kopplung von Wache- 1 trennen. 
5. Kopplung von Wache- 2 trennen. 
6. Eule und Präsidentenwagen wegfahren. 

Für diese Arbeit verbleiben euch fünf Minuten. Achtet auf die Soldaten und vergesst nicht, Blau bedeutet STOP und Rot laufen! Die Codes zum Abtrennen werden mit den Zeichentasten eingegeben. Ihr habt Gelegenheit, dies zu üben. Ihr solltet erst losdrücken, nachdem die vierstellige Anzeige mit den Fragezeichen erscheint. Eine reine Timingsache. Wichtig ist es später bei der Codeeingabe, auf die Wachen zu achten. Denkt daran, dass, sobald diese in das Blickfeld gelangen, ihr Squall noch oben klettern lasst. Ist Präsident Vincer gekidnappt, schaut die Truppe in den Wagen hinein.

G.F.s vorher koppeln! Denn der Präsident ist nur ein Double, das euch angreift. Beginnt den Fight mit jeweils einer G.F.-Attacke. Daraufhin wird sich das Double in ein Monster verwandeln. Zum ersten Mal werdet ihr mit harten Zaubern attackiert. Versucht die Statuszustände schnellstens mit Gegenzaubern oder Items zu reinigen. Habt ihr dem netten Zombie ca. 2500 Hitpoints abgeknöpft, ist der Fight zu Ende. Übrigens bringt der Medica-Zauber hier so manche Hilfe. Nach dem Kampf geht es wieder nach Timber zurück. Schaut rechts vom Bahnhof in das Gebäude der Timber-Maniacs hinein. Im linken Raum findet ihr einen versteckten Draw-Punkt. Stellt euch vorne in die Mitte und ihr findet ihn. Besucht die Redaktion und lest das Heft, das rechts auf dem Boden liegt.

Durchsucht den Rest der Stadt, um zum Sender zu gelangen. Die Kämpfe mit den Soldaten in der Stadt sind eine wunderbare Gelegenheit, Zauber einzusammeln und die Charaktere hochzuleveln. Habt ihr die Gasse hinter dem Pub erreicht, solltet ihr einfach in Richtung Sender hinaufgehen. Die folgende Ansprache des Präsidenten wird von einem recht wütenden Cifer unterbrochen. Nach einem kurzen Wortgefecht erscheint eine Verbündete des Präsidenten und nimmt Cifer mit sich. Eure Gruppe hingegen flieht in das Haus, aus welchem man die kleine Gasse beobachten konnte.

Setzt euch in den Zug und marschiert dann zu dem Waldstück im Westen, welches zu beiden Seiten von Bergen umgeben ist. In diesem Sektor können einige neue Zaubersprüche und Items geholt werden. Lauft deswegen ein wenig auf und ab, um somit Kämpfe zu provozieren. Sobald ihr am Waldrand seid, werden einige Mitglieder eures Trupps ohnmächtig  und es folgt eine neue Sequenz mit Laguna.

Szenenwechsel:
Die Esther-Soldaten, die ihnen entgegentreten, sollten euch keinerlei Schwierigkeiten  bereiten. Denkt aber daran die G.F.-Kopplungen zu kontrollieren. Nachdem ihr auf der Konstruktion des kreisförmige Gebilde erreicht habt und hinuntergestiegen seid, gelangt ihr in eine Art Minensystem. Durchquert es, bis ihr an einen Speicherpunkt gelangt. Schaut erst im linken Gang nach dem Rechten und benutzt dann den Ausgang oberhalb des Speicherpunktes. Hier geratet ihr in eine Sequenz, in der mehrere Wellen von Soldaten nach eurem Leben trachten. Setzt einfach fortlaufend G.F.-Kräfte ein. Der letzte Gegner verletzt die beiden Partner Lagunas doch sehr stark. Aber was soll's. Das Trio erkennt seine Chance und nimmt den direkten Weg von den Klippen, um zurückzukehren.

Nachdem Squall, Quistis und Selphie wieder zu sich kommen, durchquert ihr das Waldstück. Besucht nun den Galbadia Garden. Dort angekommen, merkt ihr schnell, dass andere Sitten herrschen. Quistis nimmt Kontakt mit dem hiesigen Direktor auf. Kurz darauf werdet ihr in den zweiten Stock gerufen, wo euch Quistis von der Gerichtsverhandlung gegen Cifer und dessen Hinrichtung erzählt. Nach einer kurzen Unterhaltung verlässt Squall aufgebracht den Raum. Geht mit ihm hinunter in die Halle. Auf dem Weg dorthin werdet ihr auf Fu-Jin und Rai-Jin, die beiden Freunde Cifers, treffen. Diese haben gerade wichtige Nachrichten aus dem Balamb Garden überbracht. Kaum hören sie von Cifers Schicksal, machen sie sich auf, dies nachzuprüfen und verlassen Squall. Redet nun mit den anderen Mitgliedern eurer Gruppe. Schaut euch nebenbei auch genau im Garden um, denn hier sind einige Draw-Punkte und Informationen zu finden. Verlasst dann den Garden. Der Rest der Truppe erwartet euch schon draußen. Der Direktor des Gardens Dodonna weist euch daraufhin an, die galbadianischen Pläne zu durchkreuzen. Als Verstärkung stößt Irvine Kinneas zu eurer Party, ein Scharfschütze, wie er im Buche steht. Euer nächstes Reiseziel lautet somit Deling City um Oberst Carway zu treffen.